Madrasah Tafaqquh Fiddin berdiri atas dasar keinginan Majelis Pimpinan Pondok Pesantren Darul Ulum untuk mencetak santri yang mampu menguasai ilmu agama (Tafaqquh Fiddin), menguasai ilmu Al-Qur'an, akhlaq, fiqih, dan gramatika bahasa Arab (ilmu alat nahwu-shorof).
Berangkat dari komitmen tersebut, pada tahun 2004 dibentuklah pengajian tahassus kajian ilmu alat dan fiqih di asrama induk. Pada tahun 2006, pengajian ini berkembang menjadi Majelis Tafaqquh Fiddin dengan sistem tingkatan (marhalah). Tahun 2007 resmi memperoleh Izin Operasional dari Departemen Agama (DEPAG), dan pada tahun 2011 disempurnakan namanya menjadi Madrasah Tafaqquh Fiddin.